Dự án cầu Nguyễn Trãi sẽ là cây cầu kết cấu vĩnh cửu vượt sông Cấm với chiều dài 1,45km; bề rộng cầu chính khoảng 26,5m; cầu dẫn 23,5m; gồm 4 làn xe cơ giới, 2 làn xe hỗn hợp; xây dựng cầu nhánh xuống đường Lê Thánh Tông…
Cùng với đó, thành phố sẽ mở rộng đường Nguyễn Trãi từ 18m hiện tại lên 41,5m. Trong đó, mặt cắt của đường dẫn cầu Nguyễn Trãi rộng 23,5m; lòng đường gom hai bên cầu đoạn có tường chắn và dưới gầm cầu rộng 7,5m, vỉa hè hai bên đường 1m, dải cây leo trang trí dọc tường chắn hai bên 0,5m; lòng đường gom 2 bên cầu đoạn không có tường chắn rộng 6m, vỉa hè hai bên rộng 3m, kết nối với đoạn tuyến hiện tại có bề rộng khoảng 50,5m.
Không những thế, thành phố còn xây dựng đường ven sông nối từ cầu Hoàng Văn Thụ tới nút giao giữa đường Ngô Quyền và Lê Lai với chiều dài khoảng 2,3km, bề rộng nền đường 28m và 40m; xây dựng tuyến đường kết nối giữa tuyến đường ven sông trong dự án với đường Hoàng Diệu. Như vậy, cảng Hoàng Diệu sẽ phải di dời bao gồm cả khu cảng trong phạm vi từ đường Hoàng Diệu, Lê Thánh Tông tới bờ sông Cấm và cả khu ga đường sắt trước Cảng.